Wandert der Besucher vom Ufergarten auf dem „Franzosenweg“ weiter in Richtung Zoo, also nach Osten, so kommt er in den Naturgarten. Die weitgehend unberührten Flächen dieses Gartens stehen im Kontrast zu den gestalteten Flächen der anderen Gärten. Es wird nur ganz behutsame Eingriffe geben, die einzig darauf abzielen, dem Gast bisher unzugängliche Areale wie die „Große Karausche“, einen kleinen See, erlebbar zu machen. Der jetzt noch genutzte Hockeyplatz wird ein Spiel- und Erlebnisplatz für Kinder und Jugendliche werden.

Der Naturgarten bietet die Gelegenheit, die ohne das Zutun des Menschen entstandenen Lebensgemeinschaften von Pflanzen und Tieren zu erleben. Schilfbestandene Uferbereiche des Schweriner Sees gehören ebenso dazu wie eine Orchideenwiese.

Im Naturgarten wird es aber auch einen großen Bereich geben, der jungen Leuten die Gelegenheit bietet, zu entspannen, zu spielen und sich sportlich zu betätigen. Dabei ist sichergestellt, dass der Spiel- und Sportbereich so vom Natur belassenen Bereich abgegrenzt ist, dass es zu keinen gegenseitigen Störungen kommt. Im Naturgarten wird es auch das für Bundesgartenschauen obligatorische "Grüne Klassenzimmer" geben.